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O Biobanco COVID-19 é um projeto multidisciplinar do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) desenvolvido pela Diretoria de Pesquisa (DIPE), o qual extrai e gerencia registros hospitalares sobre a COVID-19 desde o início da pandemia no HCPA (18 de março de 2020), a fim de fornecê-los às pesquisas na instituição. Atualmente, são contempladas informações clínico-epidemiológicas referentes a todos os pacientes testados para COVID-19 no HCPA, associada a uma coleção de materiais biológicos (swab nasal, soro e DNA).
Para a construção e desenvolvimento do Biobanco Covid, foram alinhadas três plataformas: AGHUse, Dataiku© e Google. O AGHUse é o sistema de registros hospitalares que fornece as informações sobre os pacientes atendidos no HCPA, fonte primária de registro dos dados, desenvolvido em software livre e mantido pelo HCPA em parceria com a Comunidade AGHUse. Já o Dataiku é a plataforma que permite a preparação, exploração e análise dos dados disponíveis no AGHUse até o compartilhamento via Google. Por fim, o ambiente Google possibilita a exportação das informações e o compartilhar com segurança e eficiência entre a comunidade científica ou apenas entre os membros da equipe envolvida no projeto.
O Dataiku© é comumente descrito como uma plataforma completa de ciência de dados que oferece uma ampla variedade de funcionalidades analíticas. Através deste foi possível integrar, organizar e analisar bases de dados de diferentes fontes e áreas hospitalares (como, por exemplo, registros médicos, resultados de testes de diagnóstico, informações demográficas e epidemiológicas, entre outras). Isso facilitou não apenas a manipulação e compreensão dos dados, mas também a cooperação entre profissionais de diferentes áreas até o atendimento dos pesquisadores. Assim, até dezembro de 2022, mais de 40 projetos de pesquisa relacionados à Covid-19 foram atendidos, para os quais foram entregues mais de 80 queries. A plataforma também possibilitou a atualização periódica e automática dos dados, permitindo o acompanhamento de planilhas diárias de dados, além de dashboards e relatórios interativos desenvolvidos no ambiente Google.
Em resumo, esse alinhamento foi fundamental para acelerar o desenvolvimento dos projetos de pesquisa relacionados à COVID-19 no HCPA, fornecendo as ferramentas necessárias de forma eficiente e eficaz para a condução de análises de dados avançadas, o compartilhamento com a comunidade científica e a publicação de resultados.
A periodicidade de atualização dos dados é mensal e as demandas são atendidas por ordem de solicitação.
A figura abaixo ilustra a logística do projeto:
Assim como as demais pesquisas oriundas ou realizadas no HCPA, os projetos relacionados à COVID-19 seguem o fluxo padrão, ou seja, os projetos devem ser submetidos ao sistema AGHUse Pesquisa e à Plataforma Brasil. Após essas submissões, a aprovação final é realizada pela Coordenação da DIPE.
Com a finalidade de preservar a integridade dos pacientes, profissionais e pesquisadores, essa rotina busca salvaguardar a qualidade e a segurança dos procedimentos assistenciais, os interesses institucionais e permitir a realização adequada das pesquisas propostas.
Para mais informações sobre a base de dados clínicos ou materiais biológicos entre em contato com o grupo pelo e-mail: biobanco_covid19@hcpa.edu.br.
Política de Testagem para a infecção pelo Sars-Cov-2:
Política de Testagem para a infecção pelo Sars-Cov-2:
Em 20 de julho, o HCPA realizou ampla divulgação de sua Política de Testagem para Infecção pelo Sars-CoV-2. No documento, são descritas as estratégias de testagem para pacientes e profissionais e os tipos de testes indicados em cada situação. Conforme a estratégia, são testado os profissionais e pacientes suspeitos ou em rastreamento para infecção por Sars-CoV-2 de acordo com a situação clínica e/ou local em que se encontram no HCPA. Alguns casos em específicos são avaliados juntamente com a CCIH.
"O principal teste para detecção de infecção aguda pelo Sars-CoV-2 é o RT-PCR, com amostra coletada por swab nasofaríngeo".
Atenção, ao longo do período de coleta do material biológico e dados clínicos, as diretrizes de testagem da instituição sofreram diversas alterações. Entre outras recomendações técnicas e operacionais, foram adicionadas novas indicações de realização RT-PCR para rastreamento de casos não-suspeitos e de uso do teste de RT-PCR rápido. Fluxos e protocolos específicos para o cenário de enfrentamento ao covid-19 podem ser consultados neste link.
Existem diversos códigos para o teste de detecção de SARS-CoV-2, de acordo com a sua finalidade. A tabela abaixo pode ajudá-lo a identificar as siglas dos exames para filtrar grupos amostrais específicos:
Como referenciar:
Como referenciar:
A citação e referência das informações e/ou materiais utilizados deve ser feita através do número D.O.I (Digital Object Identifier), um padrão de números e letras para identificação de documentos em redes de computadores, como a Internet.
Para referenciar a base de dados clínico-epidemiológicos utilize o D.O.I 10.22491/hcpa-biobanco (dx.doi.org/10.22491/hcpa-biobanco)
Vaz, T. A., Avila, A. M., Mancuso, A. C. B., Zini, D. W., Pons, M. T., Borges, R. B. & Camey, S. A. Biobanco Covid-19: Base de Dados Clínicos - Epidemiológicos [internet]. Porto Alegre: Diretoria de Pesquisa / HCPA; 2020 [data de extração]. http://dx.doi.org/10.22491/hcpa-biobanco
Para referenciar a coleção de amostras biológicas utilize o D.O.I 10.22491/hcpa-biobanco-amostras (dx.doi.org/10.22491/hcpa-biobanco-amostras)
Camargo, J. L., Garcia, A. B. M., Vianna, F. S. L., Nehm J. H., Reis, L. B., Botton, M. R., Prolla, P. A., Matte U. Biobanco Covid-19: Amostras Biológicas [internet]. Porto Alegre: Diretoria de Pesquisa / HCPA; 2020 [data de extração]. http://dx.doi.org/10.22491/hcpa-biobanco-amostras
Como solicitar:
Como solicitar:
Dados Clínicos-epidemiológicos:
Wiki - descrição das variáveis (disponível em breve)
Amostras Biológicas:
A solicitação de uso das amostras biológicas deve ser feita via e-mail (biobanco@hcpa.edu.br), que, através de formulário próprio do Biobanco, será avaliado pelo Comitê Gestor. Uma vez aprovada, a liberação ocorre após contato com a área operacional, que disponibilizará as alíquotas para o pesquisador.
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